Also zum Atmega kann ich dir leider nichts sagen, müßte aber im Datenblatt oder in der Anleitung stehen ob er interen Pullups an den Eingängen / Ausgängen hat.

Wenn man keinen Pullup Widerstand nimmt / hat, ist die Spannung am Eingang undefiniert. Dadurch könnten ungewollte Schaltzustände hervorgerufen werden.
Über den Pullup Widerstand von Bsp.:10K Ohm liegt der Eingang immer definiert auf 5V. Schaltet nun dein Transistor durch, wird der Eingang direkt auf Masse gezogen. Somit hast du "high" und "low" (1 und 0) immer sicher definiert.

Ohne den Pullup hättest du an einem Controller ohne interenen Pullup ja kein 1 Signal anliegen im Ruhezustand deines Transistors. Somit kannst du dann auch keine Änderung der Eingangsspannug feststellen. Und undefinierte Zustände sind nie ratsam!!

Hoffe geholfen zu haben.
Grüße Mirco