Weiter oben steht die Zeile noch einmal.
Ja, aber diese Zeile wird nach einem Reset nur einmal ausgeführt. die in der ISR jedesmal wenn sie aufgerufen wird.

Im Moment wird der Timer ja nur beim Start und wenn count=1000 ist aufgeladen. Somit fehlt dir 999 mal das vorladen des Timer. Er fängt also 999 mal bei 0 an.

Eine andere Erklärung sehe ich z.Zt. nicht.

Ich würde dir auch gerne einen Link geben, aber ich weiss selbst nicht genau, wo das Programm ist. Also musst du mal im Forum oder im Internet nach RNAVR suchen. Das Programm liefert dir einen fertigen Code für die Timer. Du musst nur den Takt und Auslösezeit/Frequenz angeben.