Hallo, warum benutzt Du nicht die serielle Schnittstellefür Dein Vorhaben?
Wenn es unbedingt USB sein soll dann gibt es ja USB-RS232 Chips , dann brauchst Du Dich nur noch um die Komunikation zwischen dem Atmel und PC zu kümmern. Denke Dir irgendein Protokol aus, wie Du Deine LED's schalten willst und fertig.

Gruß Sebastian