Ich hab's gerade mal mit meinem JTAGICE ausprobiert.
Die Verbindung mit AvrProg funktioniert problemlos.
Hast Du eine Spannungsversorgung für den JTAGICE hergestellt?
Soweit ich weiß darf auch kein AVR beim Update dranhängen.

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Das ebn-file in ein hex-file umzuwandeln, wird wohl nicht gehen.
Atmel hat sich da wohl schon Gedanken drüber gemacht, wie man ein Firmware-Update zur Verfügung stellt, ohne dem User gleich die Hex-Datei geben zu müssen. Ansonsten könnte nämlich jeder Hobby-Bastler das JTAGICE nachbauen...
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askazo