Hm, woher weißt Du, daß der eine Timer arbeitet, der andere dagegen nicht? Um die Interrupts auszuwerten, müssen auch entsprechende Programmteile in die Vektoren eingehängt werden. Die finde ich in Deinem Code-Auszug nicht.

Falls Du den Simulator aus dem AVR-Studio verwendest: Schau in der Hilfe nach, dort steht bei welchen Chips welche Simulationen NICHT arbeiten. Betrifft aber nur die Simulation, die ICs selbst funktionieren.