Also, wenn es dir nur darum geht Nachrichten mit einem Zeitstempel zu versehen, dann musst du ja nur jede Sekunde die aktuelle Zeit abfragen, nen Zähler starten und den mitlaufen lassen. Wenn das nächste Zeitsignal kommt ist eine Sekunde um und der Zähler wird wieder auf 0 gesetzt.
Das ganze kannst du mit einem beliebigen Controller lösen. Schön einfach und sauber machst du das mittels externem Interrupt (die RTCs haben typ. prgrammierbare Int-Ausgänge dafür). Wenn du dann die Nachricht rausschicken willst, stellst du die Interrupts ab, stellst den Zähler ab, hast damit die aktuelle Zeit aus der RTC plus die seitdem vergangene Zeit aus dem Zähler und damit kannst du deine Nachricht rausschicken.

Du solltest dir trotzdem überlegen, dass du noch ein Konzept entwickeln musst, wie du die ganzen RTCs aufeinander abstimmst und nachregelst. Die sind zwar schon sehr gut, haben aber auch einen Drift von einigen Sekunden pro Jahr und damit von einigen Millisekunden pro Tag. Bedeutet, dass du mindestens 1-2 mal täglich die RTCs auf eine genaue Zeit synchronisieren musst. Dazu kommt wieder GPS oder DCF77 in Frage.

Was mir grade in den Sinn kommt: du sitzt doch in einem Trafohaus direkt an der Quelle eines hochgenauen relativen Zeitsignals: die Netzfrequenz.
Die bewegt sich nur in Ausnahmesituationen von den 50Hz weg, andererseits darfst du die wenn dann nur zur Nachführung verwenden, denn wenn die ausfällt, musst du ja ein Signal rausschicken
Nächster Punkt: Wenn die Netzfrequenz in den Trafostationen überwacht wird, muss da irgendwo ein Frequenzzähler sitzen, der eine hochgenaue Referenz benötigt, die auch wiederum nachgeführt werden muss. Also muss es da schon irgendwas an GPS oder DCF77-Modulen geben. Bei uns wurde teilweise auch das Farbsignal des ZDF (was ZDF-intern das allesbestimmende Maß ist) als Zeitreferenz verwendet, aber ich glaub das wird bei euch nicht gemacht.

MfG
Stefan