Ich erzeuge mit einem ATMega8 ca. 40kHz und gebe das Signal an "Start In", dann kann man ein sehr leises piepsen hören.
Das menschliche Gehör nimmt Töne dieser Frequenz garantiert nicht mehr wahr - die Grenze liegt je nach Alter zwischen 16kHz und 20kHz.

Wenn Du es wirklich piepsen hörst, dann könnte es sein, daß Du dich bei der Timer-Einstellung vertan hast, oder bei der Berechnung des Teilfaktors zur Signalerzeugung. Wenn der Wandler nicht mit 40kHz (plus minus ein paar hundert Hz) angesteuert wird, dann reagiert der Empfangswandler kaum bis gar nicht auf den ankommenden Schall.

Welche Einstellung verwendest Du für den Timer (die Registerwerte oder ein kurzer Auszug vom Code wären hilfreich)? Welcher Oszillator läuft (interner RC oder externer Quartz)?

Meine Vermutung ist, daß Du zwar 25µs per Timer erzeugst, aber den Modus auf Output-Toggle gestellt hast. Dann ist die Periodendauer 50µs (=> 20kHz, die man gerade noch so hören kann)...