Normalerweise hält der Timer an (jeder Timer beim AVR!) wenn man die Bits für den Vorteiler-Wert alle auf '0' setzt.

EDIT: Um dem Ausgang das Toggeln abzugewöhnen kannst Du nach den erforderlichen Burst-Impulsen das TCCR1A auf 0b10000000 umstellen. Beim nächsten Timeout wird dann OC1A auf '0' gehalten bis wieder der Toggle-Modus aktiviert wird. An OC1A erscheint dann der Burst. Geht natürlich auch mit '1' an OC1A. Und im Gegensatz zum ANhalten des Timers läuft das alles schön synchron mit 40kHz, so das auf dem Burst auch keine Störungen auftauchen.