Kannst Du Dir ein Scope (mind. 2 Kanal) samt Bediener ausleihen? Vielleicht kennst Du ja jemanden der eines hat. Es würde extrem helfen Dein Problem zu finden.

Tip: Triggern auf steigende Flanke am Pulsout (also auf die erste Flanke des Sendesignals). Kannst gleich sehen ob die 40kHz wirklich stimmen und die richtige Anzahl Impulse herauskommt.
Dann zuerstmal das Signal am Empfangswandler direkt ansehen. Die Echos kommen mit mehrenen mV retour. Da siehst Du auch sofort, ob der Sendewandler direkt in den Empfangswandler einkoppelt und eine längere Störung erzeugt. Die würde dann die Funktion des Interfaces unterbinden.
Als nächstes das Signal am Ausgang der Verstärkerstufe (Kollektor von T1) ansehen. Die Echos sollten auch hier sauber zu sehen sein, allerdings ist die Amplitude jetzt halbwegs entfernungsunabhängig.
Das Poti vom Komparator (T2) ist dann natürlich recht schnell eingestellt und man kann sich sicher sein, daß weitere Fehler in der SW zu suchen sind.
Nebenbei kann man noch die Spannungsrampe zur Verstärkungsregelung überprüfen. Wenn die nicht kommt, dann sind vielleicht die Dioden verdreht.