Deine Vermutung stimmt schon, das wird aus Leistungsgründen gemacht, weil die AVR´s Richtung GND mehr Leistung schalten können - obwohl das so pauschal auch nicht mehr stimmt, wie neulich jemand hier im Forum erzählte.
Richtig,es ist bei den Tinys und Megas egal wie herum.
Soweit ich das jetzt überblicke geben die alle in beide Rictungen gleichviel ab (Oder nehmen auf natürlich)



Jetzt hoffe ich mal, beim STK500 ist ein Schaltplan dabei, da solltest Du den Anschluß der LED´s eigentlich nachvollziehen können.
Ich hab nen Plan.
Sind alle nach Vcc geschaltet.