Evtl sind es ja die offenen IF die den Absturz verursachen.
Es wäre ja auch kein Problem, die Abfragen in den ISR alle auszuführen und nur am Ende ein Return einzufügen.

Was hast du denn schon unternommen, um das ganze zu debuggen?
Mal etwas über RS232 ausgegeben oder ein paar LED's angesteuert?