Hallo,
normalerweise wird immer im Pfad PATH gesucht, und die erste make.exe die gefunden wird, wird gestartet.
Evtl. kann man in einem der beiden Compiler irgendwo den Pfad oder den Programmnamen von Make selber angeben !

.... 20sec später...

hab grad in PN vom Win-Avr geschaut, da kann man es ändern, zumindest was gemacht wird wenn man auf zB. Make All clickt.
Zu finden Menü Tools -> Options -> Tools, dann sieht mans schon.