Wegen der PWM bei den AVRs bleibt Dir erstmal nur das Studium des Datenblattes. Alle Einstellungen und Möglichkeiten der Timer sind gut beschrieben. Da Du ein Oszi hast solltest Du in der Lage sein ein paar einfache Experimente zu machen um zu sehen wie die Timer arbeiten. Mit etwas Geduld bekommst Du es garantiert hin ein 40kHz-Signal zu erzeugen. Von da zum Burst ist es dann auch kein allzu großer Schritt mehr.

Eigentlich brauchst Du keine PWM sondern ein 40kHZ Rechtecksignal. Da ist für Dich eher der "Toggle Output on Compare Match" Mode eines AVR mit Timer1 interessant. Siehe Datenblatt.