Um es mal kommunikationstechnisch auszudrücken, reicht es nicht, wenn du den Physical Layer änderst (bedeutet du kannst nicht einfach nur IR-Dioden dran hauen und gut ist).
Du nimmst einfach einen Mikrocontroller, der die Kommunikation mit dem Barcode-Scanner abwickelt, lässt den über IR senden und auf der Rechnerseite machst du wieder einen uC als Protokollwandler hin und lässt den die Daten an den Rechner spucken

Die Daten zwischen den beiden uC werden natürlich dann schneller übertragen als die Datenrate der ursprünglichen seriellen Verbindung, da du dich ja um das Handshake und - würde ich zumindest sehr empfehlen - eine Fehlerkorrektur kümmern musst.