Eine Eigenart des Parallelports ist es, dass er (wie der Name schon sagt) darauf ausgelegt ist einen parallelen Datenstrom zu verarbeiten. Er ist dadurch relativ schnell, aber nur wenn man die Daten auch parallel vorliegen hat.
Um serielle Daten (wie bei dir) einzulesen, verwendet man typischerweise auch eine serielle Schnittstelle (wie z.B. RS232). Daher würde auch ich dir empfehlen, dass du die Serielle nimmst und nicht die Parallele

Auf dem Mikrocontroller hast du typischerweise Hardwareunterstützung für U(S)ART (=serielle Schnittstelle) und musst die nur gemäß Datenblatt initialisieren.
Aufm Rechner gibts für fast jede Programmiersprache Beispiele, wie man von der Seriellen einliest - einfach mal sagen, welche Sprache du verwendest - vielleicht hab ich da schon was rumliegen...

MfG
stegr