Naja, ich kann mir kaum vorstellen daß es auf ein paar µs Verzögerung zwischen dem Betätigen des Schalters und dem Anhalten des Roboters ankommt

also falls du mit einer minimalen Verzögerung leben kannst mach es so wie von linux_80 vorgeschlagen.
Du musst doch nur irgendein Bit in irgendeiner globalen Variable in deiner Interruptroutine setzen.
In der Hauptschleife überprüfst du dann dieses Bit, und falls es gesetzt ist hälst du den Roboter an
(denn dann weisst du ja, daß seit dem letzten Durchlaufen der Schleife ein Interrupt aufgetreten ist)