theoretisch könnte es gehen,
denn geflasht wird immer Seitenweise, Seitengrösse abhängig vom AVR, beim M32 wären das 128 Bytes.
Beim flashen muss man die ausgewählte Seite vorher löschen, um dann die gewünschten Daten reinzuschreiben. Die anderen Seiten sind davon nicht betroffen, der Inhalt bleibt erhalten, sonst könnte ein Bootloader auch nicht laufen.

Es wird aber nicht Vorteilhaft für das Flash sein, wenn oft die gleiche Seite geflasht wird, denn es ist nur auf 10000 schreib/lösch Zyklen ausgelegt.