Da stellt sich erst mal die Frage, welchen ATMega Du benutzt und welche Taktfrequenz Du verwendest.
Dann könnten wir uns auch über die entsprechenden Register unterhalten

Grundsätzlich ist es so, dass Du Dein Vorhaben mit der Output-Compare Funktion des Counters bewältigen kannst. Du schreibst einen Wert in das OC-Register, der den verlangten 100µs entspricht (kann man über die Taktfrequenz ausrechnen). Dann muss der OC-Interrupt aktiviert werden. Alle 100µs wird dann dieser Interrupt ausgelöst.

askazo