Ich versuche mal, Deine Fragen ausführlich zu beantworten:

1) Was ist ein Register?
Über Register wird ein µP eingestellt bzw. der µP stellt Informationen darüber zur Verfügung. Im Prinzip ist es nichts anderes als Speicherplatz auf bestimmten Adressen im internen RAM des Prozessors.
Es gibt z.B. ein Register DDRB (Data Direction Register B). In diesem Register kannst Du einstellen, welche Pins von Port B als Eingänge und welche als Ausgänge benutzt werden. Am besten schaust Du mal ins Datenblatt Deines AVRs, dort sind alle Register ausführlich beschrieben.

2) - In C beschreibt '#' eine Compiler-Anweisung. Ein Kommentar ist entweder // (einzeilig) oder /* kommentar */ (mehrzeilig).
- Manche C-Compiler wollen von der main-Funktion einen Rückgabewert haben. Keine Ahnung warum, ist einfach so. Stör Dich nicht weiter dran.
In den Klammern stehen ein oder mehrere Werte, die der Funktion als Parameter übergeben werden. Die main Funktion bekommt keine Parameter, also steht void drin.
- PINB ist ein Makro für Register. Die Definitionen der Register-Makros stehen in der io-Bibliothek Deines AVRs, die über die io.h eingebunden wird. PINB ist das Eingangsregister für Port B. Mit diesem Programm liest Du also den Zustand der Eingänge an Port B in die Variable foo ein.

Gruß,
askazo