Ah, das Studio 4.12 ist draußen... fein, direkt mal runterladen.

Um mit dem Compiler arbeiten zu können, brauchst Du noch ein sogenanntes 'makefile'. Dort stehen verschiedene Definitionen für den Compiler, wie z.B. Prozessortyp, Projekt-Pfad und Optimierungs-Level.

Register kannst Du einfach mit ihrem Namen ansprechen, z.B.
TCCR1A = 0x01;
TCCR1B = 0x0C;

In der main-Funktion solltest Du übrigens nach der Initialisierung eine Endlos-Schleife einbauen, damit der Prozessor nicht einfach aufhört zu laufen.

Gruß,
askazo