Über Poti und ADC bekommst du nen 10-bit Wert. Evtl muss das geglättet werde.

Timer1 in Mode 8 (evtl 9) als PWM sollte passen. Beim Hochzählen wird OC1x gesetzt und beim Runterzählen rückgesetzt. Frequenzbestimmend ist ICR1 und OCR1x = ICR1/2 gibt nen Duty von 50%. Die Auflösung sollte F_OSC/4 sein für die Frequenz f und F_OSC/8 für den Duty, bei F_OSC = 1MHz wärst du dann bei 250kHz Auflösung für f.