Das selbständige Laufen des Motors spricht für Störungen die wohl durch den Aufbau bedingt sind. Darum geht es beim Kontrollieren der Versorgungsspannung und der Spannung am Shunt.
Die Versorgungsspanung soll möglichst wenig einbrechen, hier kann man mit Abblocken und mit kurzer Leitungsführung viel erreichen.
Die Spannung am Shunt ist ja relativ klein und sollte im Kurvenverlauf nachvollziehbar sein. Hier haben kleine Störungen auf der Masseleitung schon eine große Wirkung.
Die Werte an dem Diagrammen der Messung wirst Du sicher selbst kennen, kalibrieren ist auchnicht schlecht.
Beim Choppen handelt es sich übrigens tatsächlich um eine Pulsweitenmodulation, die Bezeichnung PWM Freuqenz kann man daher auch verwenden.
Manfred