Die Unterschiede zwischen CPU und MCU wurden ja schon hinreichend dargestellt. Aber ein Mikroporzessorsystem
als Steuerung zu benutzen ist natürlich möglich. Du musst nur die Komponenten die einem Prozessor fehlen und die du benötigst nachrüsten.
Je nach CPU:
-Speicheranbindung
-Ports
-Oszillator
-Interuptcontroller
-DMA-Controller
-Timer
-UART
...
Ein BIOS ist nicht unbedingt nötig. Du kannst auch einfach direkt dein Programm ausführen lassen.

Die Frage ist nur ob es sich lohn so etwas selbst zu bauen.
Ich würde da eher zu einem EmbededPC raten. Da ist schon alles drauf was du benötigst. Und es dürfte dich auch billiger kommen.