Du betreibst die Ziffern mit 5V - jedes Einzelsegment besteht bei den Punkten aus zwei Dioden in Reihe, damit kommen die jeweils auf eine Betriebsspannung von 2,5V...für den Betrieb etwas hoch, aber okay....bei den anderen Segmenten liegen aber 4 Dioden in Reihe, also bekommt jede Einzelne nur 1,25V...und das ist zu wenig Spannung, um zu leuchten.

Setze die Versorgung auf 9V hoch und vor die Punkte einen Vorwiderstand, dann klappt`s ! (oder bei 12V bei jedem Segment entsprechende Vorwiderstände)

Nebenbei bemerkt - Du verschwendest ziemlich viele Ports, warum steuerst Du die Anzeigen nicht im Multiplexbetrieb an ? Du bräuchtest nur 8+3 Pins, anstatt 24.

P.S. Das Board-Design gefällt mir sehr gut !