ganz kurz gesagt: die ISP-schaltung "missbraucht" die statusleitungen der schnittstelle für die datenübertragung. das leigt außerhalb der offiziellen rs232-protokolle, daher funktioniert es nur direkt am PC, wo eine software die pins direkt einzeln an und aus schalten kann. mit nem wandler wie dem FT geht es nicht, weil der wandler nur das offizielle protokoll unterstützt.

PS. hast du nen lpt-port? (nen echten aufm mainboard und keinen usb-wandler)?