Achja, ich habe einen Denkfehler entdeckt.

Das Programmieren funktioniert auch, wenn das komplette System eingeschaltet ist, also alle AVR's Versorgung haben.
Dann werden einfach per Schalter 3 Pins umgeschaltet, mit Laptop verbunden und programmiert. Dann einfach wieder umschalten, und die Pins sind wieder mit der üblichen Hardware verbunden.