Außerdem nervte es mich, dass ich immer das Hyperterminal-Programm schließen musste, damit COM1 wieder für das Flash-Programm verfügbar war.
Das ist ja normal. Trifft auch nicht nur auf Hyperterminal zu, sondern natürlich auch alle Programme, die die serielle Schnittstelle benutzen.

Ich zeichne den Text auch öfter auf, allerdings habe ich schon die Erfahrung gemacht, dass es manchmal sinnvoller ist, ein wenig den Datenverkehr einzuschränken. Exel z.B. kann nur mit 32.000 Werten arbeiten, und die sind je nachdem was man so mit dem AVR macht schonmal nach ner Minute voll.