Hi Frank,

natürlich mußt Du nicht direkt aus make raus flashen.
Wenn Du das mit MFile erstellte Makefile aus WINAVR benutzt liefert Dir "make all" unter anderem auch eine .hex- und eine .eep-Datei.
Die kannst Du dann mit yaap, PonyProg, AVRStudio,... weiterverarbeiten.

Gruß
Tim