Zum Entkoppeln von logischen Signalen von einer Bezugsmasse gibt es Optokoppler. Wenn es nicht zu viele Signale sind könnte das ja gehen.

Man kann auch eine 5V Versorgung für die Logikschaltung gegenüber dem -12V Potential als Masse aufbauen, die Logik also zwischen -7V und -12V betreiben.
Manfred