Hi Javik,
das Beispiel hast Du doch gleich mitzitiert,
avr-gcc ... -Ic:/avr-projekte/include ...
einfach ein -I mit dem Pfad in den GCC aufruf, und schon wird der Pfad beim compilieren miteinbezogen.
Kann man auch im Makefile separat hinterlegen, damit man die Einstellungen wieder findet.