Hallo Roubot,

startTimer1() {
TCCR0 = (1|(1<<2));
TCNT0=0x00;
TIMSK |= (1<<TOIE0);
}
also, was meint die Anweisung "(1|(1<<2));"?
Wieso nennst du das Timer1, wenn du Timer0 benutzt? Hast du auch irgendwo das I-Flag in SREG gesetzt?
Das mit Stop Timer gibt so, wie du das gemacht hast schon Sinn!