Ich weiss zwar nicht, was Du machen willst, aber Dein Source sieht bisschen komisch aus, ohne ihn genauer anzuschauen:

1. #F1Push (""F1 gedrückt"?)
wird mit GOSUB angesprungen, aber es gibt da gar kein Return am Ende. Die letzte Anweisung in #F1Push ist "gosub Suhdown1", und danach gehts im Source mit #F2Push weiter -- das heisst: "Wenn F1 gedrückt wird, soll abschliessend noch dasselbe gemacht werden, wie bei F2". Wolltest Du das?
Das könnte auf jeden Fall Deine Beobachtung erklären.

2. #Shutdown1 ("Beenden fwegen F1"?)
wird mit GOSUB angesprungen, und hört mit "gosub Shutdown1" auf; ruft sich selbst also rekursiv auf.
Kann mir nicht vorstellen, dass das wolltest; müsste wohl "goto Shutdown1" heissen.

3. Was vermutlich passiert:
Du rufst die Programmteile immer als Unterprogramm auf, obwohl die vermutlich nie zurückkehren sollen. Mit den GOSUBs wird aber der CCBASIC Stack immer mehr aufgebaut (hängt bisschen von Deinen Abfragen RXD / PRINT ab), und das kann dann zu Stack-Überlauf führen.

Vorschlag: GOTO statt GOSUB an den betreffenden Stellen...