Die serielle Schnittstelle kannst du ja leicht mit Terminalprogramm testen. Für die anderen Ports müsstest du dir halt ein kleines Programm schreiben das Input und Output testet. Wenn beides geht, dürfte auch die Interupt-Funktionalität gehen, wobei du dafür natürlich auch Testprogramm schreiben kannst.
Solange Du keinen Fehler feststellst oder du die Ports nicht braust, würde ich das erst mal so lassen. Du kannst ja dank IC-Fassungen jederzeit noch den Mega32 Controller auswechseln, das ist keine große Sache und kostet nur ein paar Euro.