Ich finde, Lochrasterplatinen zu 'layouten' geht am besten mit Brain 1.0. Die Bauteile draufstecken, schauen ob man genug Platz hat und so, daß die Verbindungen kurz sind und man möglichst wenig lange Strippen ziehen muss.

Ist eben Erfahrungssache, und die bekommt man nur durch's Tun

Als Tipp nur:
- Sockel verwenden
- stückweiser Aufbau, so daß man den jeweiligen Bauabschnitt testen kann: erst Netzteil/Spannungsversorgung, Controller Quarz und Test mit Blinky, dann ISP und testen, ...

Welche Lochraster verwendet werden, ist zum Großteil Geschmachssache
- unkaschiert
- jeden Pin einzeln kaschiert
- Pins in 3er-Gruppe kaschiert, etc

Bei komplexeren Lochrasterprojekten kann man auch mit nem Schaltplaneditor (zB eagle) einen Schaltplan machen und dann layouten. Damit erkennt man evtl besser, wie Bauteile günstig plaziert sind, und was wie verbunden ist. Das kann Fehler beim Löten vermeiden (vergessene, falsch gelötete Anschlüsse, ...)

Als Link würden mit nur Suchmaschinen einfallen.