Hallo,
das mit dem über IR Flashen ist erstmal eine Asuro Sonderlösung,
denn er hat ein Bootprogramm, das dieses beherrscht.
Aber es gibt auch andere Bootprogramme(Bootloader), die man aber auch erstmal per ISP auf dem AVR bringen muss, ab da kann man dann per RS232 bzw. IR flashen.
Es gab diese Tage einen Thread dazu:
https://www.roboternetz.de/phpBB2/viewtopic.php?t=12513