Stand ja gar nicht da das es eine Uhr werden soll
Deine Antwort war aber so vorwurfsvoll als ob man es hätte wissen müssen :P

Wenn deine PWM_DUNKEL mal einen Fehler hat, ist eine 1 am Port tatsächlich für LED aus. Aber für alle LEDs. Weil es ein (fast) kurzschluss ist.

Wenn es mit 2 LED geht, wird es auch mit 20 klappen. Sofern die Summe der Ströme der Ports nicht mehr als erlaubt wird.
Dann kannst du es ja auch so machen.
Ich würde das ganze ohne PWM zu bauen. Und wenn es Lowcurrent-LEDs sind, würde ich LEDs alle direkt am AVR anschliessen. Oder über eine Porterweiterung um Pins zu sparen?
Evtl würde ich es auch ganz anders machen. Das ist nur das, was mir grade durch den Kopf ging ohne viel drüber nachzudenken.

Es wiederspricht zwar einer Grundregel im Umgang mit µC, aber die hast du ja auch schon gebrochen. Wenn man einen µC einsetzt, sollte man alle externen Bauteile vermeiden, die der µC ersetzen könnte. Und wenn man es schon mit PWM macht, könnten die Widerstände wegfallen. Du kannst ja im Programm vorgeben, wie hell sie werden dürfen.

Die Krönung wäre es ja, wenn alle LEDs direkt an die Pins angeschlossen werden, ohne Widerstand, ohne Transistor und alles per PWM geregelt wird. Dann darf man aber wirklich nur Lowcurrent-LEDs verwenden. Und die sind ggf. zu dunkel.