Die mindest und minimalleuchtstärke kannst du im Programm ja vorgeben.
So, was ich nun wissen will: Ist der ansatz okay oder würdet ihr das anders machen?
Ich würde es anders machen

Und Sorry, das es eine Uhr werden soll habe ich im ersten Beitrag überlesen.

Ich kann auch nicht ganz nachvollziehen wie das elektrisch arbeiten soll. Die Widerstände kannst du dir wahrscheinlich sparen. Die Transistoren haben ja auch einen Spannungfall. Bzw. sie könen wohl kleiner ausfallen.
Aber im Prinzip sind sie überflüssig wenn man mit PWM arbeitet.
Wofür sind die 1N4148? Wozu die Abgriffe zum AVR (C.1, C.2, C.3)?
Sicher das es mit 2 NPN so funktioniert?
Hast du das schonmal aufgebaut und getestet?