Zwei moeglichkeiten:
1.:
Deine Strukturen sind global, und zB in main.c definiert.
Dann deklarierst Du die Variablen in der anderen Date noch mal, allerdings mit dem einem vorangestellten "extern", das sagt dem compiler dann das der Linker die entsprechende refferenz liefert.

2.:
Du uebergibst einen Pointer auf die/das Strukt an die Funktion.

Hoffe geholfen zu haben.