Die Station und die "normale"C-Control sollten aufgrund der integrierten Pull-Ups nicht kaputt gehen (ich übernehme für diese Angabe ausdrücklich keinerlei Haftung).
Bei der M-Unit fließen sicherlich mehr als die laut Handbuch zulässigen 10mA. Wenn deine Stromversorgung knapp dimensioniert, ist, bricht die Spannung ein und die M-Unit stürtzt ab(Bei Autostart gesetzt wird irgendwann sicher trotzdem einiges recht warm). Ansonsten können beide Ports kaput gehen (ich kann mir auch vorstellen, dass einer zuerst verreckt und der andere überlebt *g).
PS: sicher, wenn die getrennt sind, passiert nix. Dann gibt es aber auch überhaupt keinen Grund, die zu verbinden, weil die über die Ports auch nicht kommunizieren könnten.