Da wird immer noch der i386-ld aufgerufen.
avr-ld: supported targets: elf32-avr elf32-little elf32-big srec symbolsrec tekhe
avr-ld: supported emulations: AVR2 AVR1 AVR3 AVR4 AVR5
Dein avr-ld wird also nicht gefunden --> Pfade anpassen, evtl das Makefile. Wie gesagt, mach mal die Option -v zum gcc-Aufruf dazu (im Makefile).
Oder du hast beim configure was vergessen, evtl einen neuen configure-Lauf, zum Build das obj-Verzeichnis wegputzen.

::Edit::

Ein Linker bindet (linkt) die Objekte, die der Assembler generiert zusammen. Zu einem neuen Objekt, einem Executable, einer Lib, ...
Der Assembler wiederum wird von Compiler aufgerufen, meist implizit.