Also ich habe auch lange überlegt, wie man wohl eine Versuchsplatine möglichst perfekt baut und designed.

Ich denke das beste ist es vielleicht wirklich nur alle Ports sauber nach draußen zu führen, am besten über 10-Pol-Stecker mit einem Port, GND und VCC. Ich würde vielleicht eine Led ein bauen, die Signalisiert, dass Spannung anliegt. Ich würde außerdem einen Reset-Taster einbauen, eine Diode, die Signalisiert, dass der ISP gerade benutzt wird, einen AN/Aus-Schalter und einen Spannungsregler, außerdem Messpunkte für Strom und Spannung. Ich würde das Quarz leicht austauschbar bauen, aber wiederum nicht so leicht, dass man es verliert
Für AREF würde ich mir auch mehrere Möglichkeiten offen lassen, die man dann mit Jumpern oder "Mäuseklavieren" auswählt.

Für die Serielle Schnittstelle würde ich noch einen MAX232 draufbauen, aber die Pins des AVRs trotzdem noch erreichbar machen, falls man mal keine Pegelwandlung braucht.
Willst du das auf Lochraster bauen, oder ätzen lassen? Ich würde das ganze auf jeden Fall nicht zu fimschig bauen, sondern groß und übersichtlich und vielleicht an alle vier Ecken noch Füße dranbauen.

Aber das ist nur meine Meinung