Ich konnte das bis jetzt immer so lösen, das entweder der ISP frei bleiben konnte, dort nichts angeschlossen ist was beim programmieren 'gestört' wird oder die Schaltung hat keinen ISP weil er nicht benötigt wird und der AVR seperat geflasht wird.

Jumper fände ich nicht schlecht, aber eine 5 polige Diodenbuchse mit Umschaltkontakten ist evtl praktischer. Beim einstecker des Progammiergerätes können die anderen Leitungen freigeschaltet werden.
Abgesehen von einer neuen Steckernorm für ISP (die ja nicht verboten ist) ist das ganze DAU-sicher. Man kann nicht vergessen einen Jumper zu setzen oder später wieder zu ziehen oder wie auch immer und muss sich vorher keine Gedanken machen, ob ein Jumper beim flashen gesetzt oder gezogen sein muss.