Das von avr-gcc generierte elf packst du mit avr-objcopy an (Schalter -O):
avr-objcopy: supported targets: elf32-avr coff-avr coff-ext-avr elf32-little elf
32-big srec symbolsrec tekhex binary ihex
avr-objcopy --help
also etwa:

avr-objcopy -j .text -j .data -O binary foo.elf foo.bin