Wenn du da mit dem Schraubenzieher dran rumfuhrwerkst ist das kein Wunder. Der hat locker ne Kapazität von ein paar nF.
Um das zu unterdrücken evtl mit einem RC-Glied in den Eingang gehen:
Von der low-side des Pullups über einen R an den Port und den Port mit einem kleinen C abblocken (zB 1nF). Allerdings veränders das deine Interrupt-Latenzzeit etc, und manche Transienten werden keinen Interrupt mehr lösen, wenn sie zu kurz sind...