Entschuldige bitte!

Wie gut kannst du denn mit dem Mega8 und Bascom um? Was willst du jetzt hören? Einen Timer auf 0,2Hz programmieren, selbst zählen, wie oft die LED in 5 Sekunden blinkt und diesen Wert als Konstante im Programm festlegen. Wenn die LED aus geht, den Timer einschalten und in der ISR die Impulse zählen, wenn es nur einer war (abschaltung zum messen) dann nichts weiter nachen und Timer ausschalten, wenn es aber die gezählten Impulse sind, dann Timer auch ausschalten, aber die Akkupacks umschalten.

Oder willst du den Code dafür haben?

Ich weiss nunmal nicht wie fit du auf dem Gebiet bist (und zwar weiss ich das deshalb nicht, weil du es nicht geschrieben hast), warum sollte ich mir dann die Mühe machen, alle relevanten Wert (welchen AVR mit wieviel MHz du hast, wie oft die LED blinkt, ...) herrauszufinden und dann dir das Programm zu schreiben, wenn du das alles selbst machen könntest? Dann hatte ich drei Stunden arbeit und du bedankst dich und sagst das du nur eine zündene Idee brauchtest und den Rest alleine geschafft hättest.

Also, man könnte es also so machen:
Einen 16bit-Timer eines AVR mit weniger als 16MHz auf 5 Sekunden programmieren (0,2Hz) (rnAvr in der Suche eingeben, falls du nicht weisst wie das geht).
Nachschauen ob du für die LED im Ladegerät einen Digitalen Ausgang hast und den auf einen Pin klemmen und auswerten wenn eine Null kommt. Ggf. einen externen INT nehmen und ihn auf falling reagieren lassen (steht in der Hilfe von Bascom und im Forum).
Hast du für die LED keinen digitalen Ausgang, ausprobieren ob LED an noch für High reicht. Ansonsten mit dem ADC arbeiten.
Wenn die LED aus ist, den Timer enablen.
In der ISR für den Timer die Impulse zählen und überprüfen ob es mit den gezählen übereinstimmt. (Lieber einen Impuls weniger als Sollwert annehmen).
Wenn die Bedinung erfüllt ist, die Akkupacks umschalten lassen (dabei aber eventuelle 'Selfreset-Zeiten' des Ladegeräts beachten)

So würde ich das machen. Es gibt sicherlich noch weitere Lösungen. Wenn dir meine nicht gefällt, muss du auf eine weitere warten. Wenn sie dir dennoch gefällt oder keine weitere kommt, kannst du loslegen.
Wenn du mit bestimmten Befehlen Probleme hast, kannst du in der BASCOM-Hilfe nachschauen wie man was einstellt. Oder im Ordner Samples schauen ob MSC ein Beispiel dazu mitgeliefert hat. Sollte dir die Hilfe nicht reichen oder die englische Sprache Probleme bereiten, kannst du die Forumsuche benutzen. Ich wette, das alle Teilprobleme schon einmal behandelt wurden.
Solltest du dann immer noch an einer Stelle nicht weiterkommen, musst du mit Angabe weiterer Informationen nochmal nachfragen.
Solltest du noch niemals einen VR programmiert haben oder noch nie mit Bascom und die Hilfe und die Forumsuche beantworten deine Fragen nicht zu deiner zufriedenheit, solltest du erstmal kleiner anfangen und eine LED einschalten lassen und im zweiten Schritt eine LED blinken lassen, da musst du dich mit Timern beschäftigen.