Also ich würde alleine schon aus Platzgründen nur nen Mega8 nehmen, es sei denn, du willst SMD löten. Der Mega16 hat nur einen UART. Hast du dir schon über den Rest der Shclatung gedanken gemacht, habe nämlich gerade was Ähnliches vor.
Hast du Uni oder Bipolare Schrittmotoren? Wirst du auf bekannte Koponenten zurückgreifen l29x oder auch da Kreativität walten lassen?