Nun, ich seh folgendes Problem:
DIe Wahrscheinlichkeit, daß beim Zurückschalten auf mode 1 gerade das get- oder Send- pic läuft, ist groß. d.h. nach dem Interrupt kommt er erstmal dorthin zurück. Mode ist aber inzwischen = 1
Daher wird auch sofort der Timer schnackeln und bevor get_ /send-pic reagieren kann, wird daher read-motion angeworfen.
Der fährt also ins volle Leben.
Versuch: setz einen Schalter BEVOR du get- send pic machst, und lösch ihn, wenn du rauskommst.
In timer-Interrupt machst du NUR dann Read-Motion, wenn Mode= 1 UND dieser Schalter = 0.

Noch was : tu dieses grauslichen Wait aus der Interrupt routine
Vorschlag
Code:
   Modus = 0
   Altmodus = Modus
Do 
     if Altmodus <> Modus then 
        If Modus = 0 Then 
            Abspos_x = 0 
            Abspos_y = 0 
            Modus = 1 
        End If 

        If Modus = 1 Then Toggle Portb.1 
        If Modus = 2 Then Toggle Portb.0 
        Set Reset_chip 
        Waitms 300 
        Reset Reset_chip 
        Wait 1 
        Set Ncs 
        Altmodus = Modus
    End if

    If Modus = 2 Then 
        schalter = 1
        Call Get_picture() 
        Call Send_picture() 
        schalter = 0
      Else 
        Printbin Abspos_x ; Abspos_y ; Squal ; Motion ; Maximumpixel ; 13 ; 
    End If 
Loop 

'###############################################
'Timer-Routine zur Abfrage der Sensor-Werte mit etwa 6kHz 
Ontimer: 
    If Modus = 1 and schalter = 0 then 
        Call Read_motion() 
    End If 
    Timer1 = 65430 
Return 
'###############################################
'Interrupt für den Zeichenempfang 
Onrts: 
    Modus = Udr 
Return
Vielleicht hilft das auch nix, aber trotzdem ist es einfach sauberer.