Zu 1) Am besten mit Transistoren.
Zu 2) Kommt drauf an was genau du da steuern willst.
Zu 2) Je nach Programmiersprache gibt es da extra Befehle für. Welche verwendest du? Wenn du noch einen Timer frei hast, kannst du sogar ganz genaue Frequenzen erzeugen. Ist ja nicht mehr als Ausgang ein- und ausschalten.
Zu 3) Mit den ADCs.

Ich habe deri Fragen:
Stimmt, beim vierten man nachzählen bin ich auch auf drei gekommen

Ich hätte da noch zwei Links für dich. einmal den hier und diesen.
Da wirst du noch genaueres zu deine Fragen finden. Ich weiss ja nunmal nicht wie fit du in Sachen Elektronik und AVR bist.