Kommt drauf an was für Sensoren du hast.
TWI und I2C und I²C ist im Prinzip das gleiche, es sind nur andere Namen. Wahrscheinlich um Lizenzgebühren für den Namen zu sparen. Aus dem Bauch herraus hat der Mega16L diese Busse.
Selbst wenn nicht bleiben wohl noch einige Pins frei um die Sensoren anzuschliessen. Und ja, die werden an die I/Os angeschlossen. Außer den I/Os sind nur noch Pins für die Spannungsversorung vorhanden.
Die 3 PWM reichen für zwei Motoren.
Auf der Seite von AVR Freaks steht ganz genau gelistet was der Mega16 hat.

http://www.avrfreaks.net/index.php?m...ev&objectid=57 <--- der Link dorthin.
Er hätte aber auch 4 PWM-Kanäle, falls du dennoch 4 Motoren anschliessen willst.