So nochmal als "Abschluss".
Ich hab jetzt sicherheitshalber nochmal einen extra Schmitt-Trigger aufgebaut, für beide Lichtschranken, den ich zusätzlich mit Potis einstellen kann --> jetzt funktioniert das Einwandfrei.
Ich habs nun auch nicht über Interrupts gemacht mit dem Zählen, da der ATmega8 sonst eh nix zu tun hat, aber das klappt ganz gut.

Danke an alle die mir geholfen haben